Если бы ГП был сильно против, то проект бы - просто даже и не начался бы. Денег не нашлось, то да сё...

Со стороны ГП не было особого противодействия;
Научную составляющую проекта возложили на себя Институт космических исследований РАН и Институт геохимии и аналитической химии им. В.И. Вернадского РАН, совместно с российскими учеными в проекте приняли участие научные группы Франции, Германии, Голландии, Швейцарии, Италии, Швеции, Болгарии, Украины, Китая, США.
20% финансирования за счет привлечения коммерческих партнеров. Они нашлись в 2007 году в Китае. К без того сложной автоматической межпланетной станции добавился попутный малый космический аппарат “Инхо-1”.

Причины неудачи;
1)недостаток финансирования и сжатые сроки.
За месяц до старта на заседании Госдумы тогдашний глава Роскосмоса Владимир Поповкин пояснял, что сроки и так затянуты, и если не запустить в 2011-м, то лучше уже не пускать никогда, поскольку технологии постоянно устаревают, опытные специалисты уходят. Вероятность успеха миссии, при условии пуска в 2011 году посчитали в 0,93 и госкомиссия приняла решение о пуске, хотя были и более сдержанные оценки в 0,225, но им не придали значения.

2)Потеря “Марса-96” тяжело ударила по космической отрасли, и в особенности НПО им. С.А. Лавочкина - главном предприятии СССР и России по межпланетной тематике и беспилотным научным комплексам. Именно тогда с завода и КБ ушло немало специалистов, чья компетенция и опыт пригодились бы спустя 15 лет.

После аварии была попытка обвинить американских военных в воздействии на космический аппарат. По мнению, высказанному главой Роскосмоса Владимиром Поповкиным, “Фобос-Грунт” мог попасть в излучение радара, которым американская станция облучала пролетающий поблизости астероид 2005 YU55 с целью зондирования. Но последующий более глубокий анализ телеметрии и моделирование на наземном макете бортового вычислительного комплекса позволил отсечь лишние и определить более убедительную причину.
Главной причиной аварии признали недостатки конструкции космического аппарата. Первоначальный сбой бортового вычислительного комплекса был вызван воздействием космической радиации — тяжелой заряженной частицы.
Фобос-Грунт” имел дублированный бортовой вычислительный комплекс, в котором использовалась электроника военного назначения. Российские ГОСТы это позволяют. Космическая электроника имеет высокую стоимость, поэтому конструкторы вынуждены были прибегнуть к такому выбору из-за ограниченности бюджета. В чем конструкторы бортового вычислительного комплекса просчитались, так это во внутренней компоновке. Два дублированных полукомплекта вычислительного комплекса располагались близко друг к другу в параллельных плоскостях, в результате одна космическая частица пробила оба полукомплекта сразу и привела к прекращению программы полета и перезагрузке компьютера. Космический аппарат еще сохранял полную работоспособность, и ждал команд с Земли, но из-за невозможности установить связь на низкой орбите эту команду передать не удавалось.
Позже выяснилось, что пробитые микросхемы оперативного запоминающего устройства относились как раз к тому типу, который наиболее уязвим именно к таким типам излучения.
https://zelenyikot.livejournal.com/117369.html