Сталин уничтожал церковные привилегии и возможность паразитировать на пастве. В СССР была свобода вероисповедания. Если священник, как класс паразитов хотел защищать свои привилегии и начинал вести борьбу с Советской властью, он становился обычным преступником. Многие церкви закрылись потому что тупо у церкви не было денег их содержать. Паства больше не покупала свечки и не платила за обряды.

Сталин не смог противостоять ГП и поэтому присягнул библейскому проекту в явной форме в 1942 году. Поэтому он не уничтожал священство.

По второму вопросу рекомендую прочесть вот эту работу ВП СССР: "Церковь и государственность в России: главенству чего отдать предпочтение? "